第二层意思：天是大宇宙，人是小宇宙，大宇宙和小宇宙之间具有类似的特征，这个意思包含现在科学讨论的宇宙全息现象，全息类比是科学全息理论的核心依据。
第三层意思：人是宇宙的化身，因为人迷失本性，需要重新找回自我，所以人的最高追求就是领悟宇宙本元、重新回归宇宙本元。这是人类各大传统宗教经文的核心依据，也是现代科学追求终极宇宙理论的目的。
这三层意思在本书中都存在，是可以统一的：
本书的思维方法是第一层意思，即充分考虑人与环境的互动互生。
本书的阐述方法是第二层意思，即充分利用宇宙万物相似的规律、特征，大量的类比来阐述理论。
本书的终极目的是第三层意思，即重新认识宇宙，进入天人合一的归元境界。
因此，本书核心理论是宇宙本元理论，就是将人作为宇宙的一部分，通过整体宇宙理论来解释宇宙，本书的出现标志东方传统文化最精华的理论重现人间。
天人合一第二层意思是研究宇宙的一种方法，但它也有弊病，不能完全
迷信：
第一，全息类比，只是近似相同，不能完全套用。比如，万物都在运动，但速度不同；万物都有生死，但寿命不同。
第二，事情之间的因果关系并非很清晰，我们经常能将因果关系搞颠倒，
导致失去认识真相的能力。《从惊讶到思考——数学悖论奇景》有很多统计学悖论，能说明我们的因果关系经常发生错误：
统计数字表明：在大多数汽车事故出在中等速度的行驶中，极少的事故是出在大于150公里/小时的行驶速度上的。这是否就意味着高速行驶比较安全？
答：绝不是这样，统计关系往往不能表明因果关系。因为多数人是以中
等速度开车，所以多数事故是出在中等速度的行驶中。
统计数字表明：在亚利桑那州死于肺结核的人比其他州的人多。这是否
就意味着亚利桑那州的气候容易生肺病？
答：正好相反。亚利桑那州的气候对害肺病的人有好处，所以肺病患者
纷纷前来，自然这就使这个州死于肺结核的平均数升高了。
统计数字表明：有一个调查研究说脚大的孩子拼音比脚小的孩子好。这
是否是说一个人脚的大小是他拼音能力的度量？
答：不是的。这个研究对象是一群年龄不等的孩子。它的结果实际上是
因为年龄较大的孩子脚大些，他们当然比年幼的男子拼得好些。
统计数字表明：汽车事故多数发生在离家不远的地方，这是否就意味着
在离家很远的公路上行车要比在城里安全些呢？
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