同一时间，学园都市外侧日本的某一处普通民居。
时至午夜万籁俱静，虽然不少商业街上依然人来人往，但大片的居民住宅已经陷入了沉睡。并不算豪华的庭院，院墙大门的门牌上写着‘上条’的姓氏。这是一户极普通的四口之家，不过由于长子正就读于学园都市，如今屋中睡着的只有一对夫妻与他们的小女儿。
与往常并无异样的夜晚，屋内隐约的回荡着一家之主的轻鼾声，唯一不同的是屋内玄关处隐隐散着微光。绝不是屋主大意忘了关灯，那是不同于照明灯具的过于微弱的光芒。
常人的肉眼无法察觉的，层层的波动扩散着，并非声波、光波这类物质现象，而是本该与这普通的四口之家毫无关联的属于世界另一侧名为魔力的波动。
并不算强烈的魔力波动，但却在一刹那间扩散开，并不是物理学能够解释的爆炸现象，魔力以让人惊骇的速度散播着，片刻时间波及了整个世界。
过于微弱的魔力，甚至无人能够察觉，但是世界的改变悄悄开始了。
生命之树中的位格是固定的，人类、天使与神，互相无法干涉。然而在学园都市正展开着的冲突，茵蒂克丝的位格稍稍发生了改变。
原本只是‘人类’却被解开束缚，虽然只是短短的片刻，等‘项圈’再次运作之后她依然会成为平凡的人类，世界本身也会修正这片刻的‘错误’，但是在世界不为认知的角落，在那栋普通的民居中，以此为契机悄悄发生了某些变化。
在过去，某人将一些道具交给一位有着不幸儿子的父亲的那时起，布局已经开始，而如今的契机更是按动了某个开关。
在距离学院都市数千公里的一处教堂中，一位身穿着红色修女服的少女正仰望着天空。
这里是俄罗斯，千年前基督教在这片土地上散下了枝叶，千年时光中与本地的文化相融合，形成了特有的宗教形式——俄罗斯成教。在基督教分裂后，它也被归入了天主教的一支，与罗马正教、英国清教互为制衡，是如今天主教最庞大的三个势力之一。
少女名为莎夏·克洛伊洁芙，是成教‘歼灭白书’的一员，如同清教的‘必要之恶教会’，‘歼灭白书’同样是一支以歼灭异端为目的而成立的组织，相比理论上属于俄罗斯成教和罗马正教共同组建的‘神之右席’，在成教看来那支虽然名声显赫却尾大不掉的组织，显然‘歼灭白书’更值得器重。
少女凝望着空无一物的天空，并非观察什么，也不是带着欣赏夜空的目的，仅仅是不带任何含义的凝视。
猛然间，似是感觉到了什么莎夏身体微微一颤，但那仅仅是刹那的异样很快消失无踪，带着疑惑低下头，少女伸出白皙的双手查翻了一下周身，却没有任何的可疑。
但事实上改变正悄悄地发生着，由于位格的松动，某个将整个世界都包裹其中的术式第一阶段被触发了，悄悄酝酿着的，是会在将来某一刻改变整个世界。
注1：基督教的‘三位一体’众所周知是指圣父、圣子和圣灵，一般在狭义上圣父就是上帝，圣子就是耶稣，但广义上它们并非独立的个体。
圣父指的是神本身，包括神的存在、神的力量等等；圣子指的是神的智慧、精神、意志等等，是神主体所拥有的意识状态，耶稣将神的意志传达给人类，所以可以看做是‘圣子’的具现；而圣灵指的是神主观所造成的一切对世界客观方面的改变。
茵蒂克丝在‘项圈’解放了其魔力之后，能够使用十万三千册中的魔法，行使的是人类之上的力量，理解的是人类无法理解的知识，施展的是人类无法施展的魔法。所以在这个时候她的‘三位’都已经不再是人类，这个状态的茵蒂克丝在生命之树上的位格应该已经改变了。
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