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无数的生灵在洪水中被毁灭，唯有诺亚与其族人依靠方舟漂流在洪水之上躲过了浩劫，洪水将他们带离了白之月，来到了地球。于是，亚当、夏娃的后裔和莉莉斯的后裔——Lilin（人类）相遇了，他们被人类所同化，最后所有的Lilin都自称为亚当的后裔。
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亚当与夏娃以及他们的后裔的离开让“白之月”一片荒凉，又过了悠久的岁月，孤寂让做出“流放人类”这一决定的上帝后悔了，于是他做出了新的预言——
【我要将我的子民带回我的国,在那应允之日,我要你们回归到最初的的生命,以最初的形态回到我的坐前】
到约定的那日，所有的人类将无分彼此，回归最初的形态，再无心的隔阂，灵魂融为一体，其名为——人类补完
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《死海文书》或许仅仅是异族中流传的神话，在很长的一段时间里，在科学日益发达的这个社会它的意义仅仅是作为考古学对于死海附近古文明的参考文献，然而，50年后一个南极科考团的偶然发现让全世界为之沸腾了。
2000年冬，南极洲
这是一片寒冷的让生命无法存活的冰雪领域，然而人类却依靠引以为傲的科技来到了这里。
站在考察的破冰船上，虽然穿着厚厚保暖棉衣，然而极低的冰寒还是让科考员们难以忍受，但是此时他们心中却一片火热，对于人类而言这是跨世纪的发现。一个偶然的机会，在绝不该存在生命的冰层之下却被探测出了生命反应，数次的勘察确认后，在X光的透视镜下映射出的是一枚卵状物质。
卵，是生命存在的最初始状态。
这一发现引起了世界的广泛关注，联合国派遣“人工进化智能研究所”的碇元渡、冬月带领科考队奔赴南极洲，然而这却成了噩梦的开端。当时作为研究所所长的碇元渡在卵周围发现有类似原始汤类的粘稠液体。
这一发现足以轰动世界，但是更让人为之惊诧的，是这一切在两千年前就被记录在了《死海文书》之中——
【在世界最南端是死亡的极寒，那里埋藏着莉莉斯之卵】
那粘稠的原始汤更是印证了神秘的卵状物其人类始祖莉莉斯的身份。
随后理所当然地展开的是挖掘的工作。
然而谁也没有预料到，人类亲手挖掘出的是怎样的恶魔，不，那并不是恶魔，而是天使，毁灭了人类的天使——使徒
“莉莉斯之卵”中沉睡的并不止是莉莉斯，还有和她融为一体的亚当。当人类将插在其胸口的一柄长枪（朗基努斯之枪）拔起，亚当（第一使徒，身形在背后有着巨大光之翼）与莉莉斯（第二使徒，白色拥有七只眼的巨人）相继觉醒。
那是人类无法理解的力量，虽然依靠科技，人类将当时尚没有完全觉醒的两个使徒重创并再次封印：第一使徒亚当回归“莉莉斯之卵”，第二使徒莉莉斯被重创至残体，被碇元渡秘密运回，以朗基努斯之枪封印，钉在NERV本部下方的十字架上。然而付出的代价却是整个世界一半人类的生命。
这是一场无法弥补的浩劫，其真相被世界的政府所掩盖，将其定义为陨石撞击的灾害，这场浩劫被命名为“第二次冲击”。
然而使徒并不止亚当和莉莉斯，一切仿佛都如约的按着《死海文书》中导演的发展着，随后等待着人类的是“第三次冲击”——世界的毁灭。
为了防止“第三次冲击”的发生，联合国成立了SELEE机关委员会，这是一个全权控制全世界所有兵权、资金的庞大组织，成员委员为各国的首脑，平时以全息影像出现。同时“人工进化智能研究所”改名为“NERV”，任命碇元渡为司令，作为SELEE下辖特务机关。
“第二次冲击”让人类深感到自身力量的不足，为此，NERV以碇元渡为首做出的提议——开发以第一使徒亚当为蓝本的战斗兵器。这一提议立刻得到了SELEE的认同与支持，并将其诞生的战斗兵器命名为）。
人类补完，早在两千年前就写在《死海文书》中的上帝所编导的剧本，至此等待人类的将会是毁灭抑或是新生？
注：God‘‘!字面译为：上帝端坐于天国，世间依然美好；“人类即为万物主宰，神灵已然再无意义”是我个人的翻译，不代表官方。
这句话是SELEE机关委员会的根本宗旨，也是刻在NERV标志——那片红叶下的文字。
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