1896年，洛克菲勒退休。
洛克菲勒退休后致力于慈善事业，主要是教育和医药领域。
（资本家老了为什么都喜欢研究医学？为了获得更多的资本。）
他在1897年正式结束对标准石油的直接管理，但保持了大部分的股权。
他出资成立洛克菲勒研究所，资助北美医学研究，包括根除十二指肠寄生虫和黄热病，帮助了野口英世的研究，也对抗生素的发现贡献甚大。
1899年，洛克菲勒又将分公司联合成立新泽西美孚石油公司。
1901年，他成立了洛克菲勒医学研究所。该机构后在1965年提供大学教育后，改名为洛克菲勒大学。
1902年，他设立的通才教育董事会，宗旨是为了推进美国每一个角落，每一阶层的教育，尤其是南方黑人的教育。
本机构最重要的影响在于资助了1910年“弗莱克斯纳报告”计划（之前由卡内基资助），本计划的实现对美国医药起了革命性的变化。
洛克菲勒也对耶鲁大学，哈佛大学，布朗大学，r提供过资助。
1909年，他成立了洛克菲勒卫生委员会，该机构之后根除了钩虫病这个长年来危害南方甚大的疾病。
1910年，当约翰“d“洛克菲勒在发现自己名下的财富已经达到近10亿美元时，他开始考虑如何运用这笔财富。
由于他对购买法国庄园或苏格兰城堡没有兴趣，又不屑于购买艺术品、游艇或中世纪韵味的西服以及所有富人们所津津乐道的东西。
他就把自己收入中的很大部分投资于煤矿、铁路、保险公司、银行和各种类型的生产企业，其中最出名的是铁矿生意。
1913年，他成立了洛克菲勒基金会，继承并扩大卫生委员会的工作，并在1915年将之结束。
他对该机构给予约2亿5千万美元，主要是公共卫生，医疗训练，与艺术，并活跃至今。该机构也资助了约翰·霍普金斯大学布隆博格公共卫生学院，这是在该领域的先驱者。
1915年，洛克菲勒基金会成立中国医学委员会，由该委员会负责在1921年建立了北京协和医学院（北京清华大学医学部）。
这所大学为中国培养了一代又一代掌握现代知识的医学人才，在一次大战提供救援，并雇用了威廉·莱昂·麦肯齐·金发展工业关系。
洛克菲勒的第四大主要慈善机构劳拉斯佩尔曼洛克菲勒纪念基金会，在1918年成立，资助社会科学的研究，之后并入洛克菲勒基金会。
老洛克菲勒说过，“赚钱的能力是上帝赐给我们的一份礼物”。
出于对家族的责任感，年迈体衰的老洛克菲勒后来把这种人生观传递给了他唯一的儿子——小约翰“d“洛克菲勒，他就是大卫的父亲。
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